Se si gioca da soli si può impugnare un controller per mano, con l'impugnatura Joy-Con, mentre giocando in due ogni giocatore usa un controller. In caso di gruppi più grandi, è anche possibile usare più controller Joy-Con. I controller possono essere facilmente riattaccati alla console o allimpugnatura Joy-Con.

- Ogni Joy-Con ha un set completo di pulsanti, quindi può essere considerato come un controller indipendente
- Ogni Joy-Con include un accelerometro e un sensore di movimento
- Il Joy-Con sinistro dispone di un pulsante di cattura che i giocatori possono premere per catturare immagini dei giochi da condividere con gli amici sui social network
- Il Joy-Con destro include un sensore NFC che permette di interagire con gli amiibo, oltre a una telecamera IR di movimento in grado di rilevare la distanza, la forma e i movimenti degli oggetti vicini in giochi appositamente creati. Ciò consente al controller, per esempio, di misurare quanto è distante la mano di un giocatore
- Entrambi i Joy-Con includono una funzione rumble HD avanzata, che può eseguire vibrazioni molto più realistiche che in passato nei giochi compatibili